ビフィズス菌は、1899年にパスツール研究所のティシエ（Tissier）博士によって母乳を飲んでいる赤ちゃんの糞便から発見されました。一般に、出生直後の赤ちゃんには菌が全く生息していませんが、1週間後には赤ちゃんの腸内のほとんどがビフィズス菌に占められていることが知られています。しかしその後、離乳がはじまる時期から徐々に減りはじめ、成年期には安定するものの、老年期には加齢と共にさらに減少してしまいます。善玉菌であるビフィズス菌が減少すると悪玉菌が増え、アンモニアなどの腐敗産物が増えてしまいます。